Краеведческий музей был открыт в 1920-х. В 1936 году он переехал в здание бывшего собора Рождества Богородицы. Храм был построен во второй половине XVII века и является ценным образцом культовой архитектуры того времени.
Кубическое в плане, здание венчается пятиглавием. Благодаря своевременной реставрации удалось сохранить подлинные фасадные украшения в стиле русского узорочья: наличники, круглые кокошники и карниз тонкой работы.
В 1936 году к храму пристроили флигель, где расположилась музейная экспозиция. Музей посвящён истории Устюжны, начиная с момента её основания в 1252 году и заканчивая Великой Отечественной войной. Наиболее ценными экспонатами являются:
пятиярусный иконостас XVII